โรงเรียนบ้านมะเกลือโนนทอง จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2475 มีชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบ้านกอก 2(วัดเจริญศรีสุข)” โดยมีนายพิมพ์ สีดาวงษ์ เป็นครูใหญ่ ใช้ศาลาวัดเจริญศรีสุขเป็นสถานที่เรียน
ปี พ.ศ. 2501 ชาวบ้านมะเกลือและบ้านโนนทอง ได้ร่วมกันสร้างอาคารเอกเทศชั่วคราวขึ้นในที่ดินจับจอง จำนวน 6 ไร่ และได้เปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนบ้านมะเกลือโนนทอง
ปี พ.ศ. 2510 ได้ย้ายมาสร้างอาคารในที่ดินปัจจุบัน จำนวน 75 ไร่ โดยได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 80,000 บาท และเงินบริจาคชาวบ้านสมทบ จำนวน 20,000 สร้างเป็นอาคารแบบ ป.1ฉ ใต้ถุนเตี้ย
ปี พ.ศ. 2515 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ฉ ใต้ถุนเตี้ย และได้เปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-7 ตามลำดับ
พ.ศ. 2520 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ ป.1 ฉ ใต้ถุนสูง จำนวน 4 ห้องเรียนและได้รับงบประมาณจากภาษีบำรุงท้องที่ต่อเติมชั้นล่างอีก 4 ห้อง ในปี พ.ศ. 2521
วันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2527 นายอาภรณ์ ชัยภักดี ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่และได้รับอนุมัติกำหนดตำแหน่งเป็นอาจารย์ใหญ่ ในวันที่ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2528
พ.ศ. 2529 ได้รับงบประมาณ 200,000 บาท ก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช 201/26 จำนวน 1 หลัง พ.ศ. 2537 นายเจดีย์ จำปาทอง ได้ประสนงานกับนายสะอาด จำปาทอง รับบริจาคจากศิษย์เก่าที่ทำงานอยู่ในต่างประเทศ จำนวน 200,000 บาท เพื่อปรับปรุงห้องสมุดจนเสร็จสมบูรณ์
ปีการศึกษา 2541 ได้รับอนุมัติให้เปิดเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา ทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น
วันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2541 นายสวัสดิ์ ชาวบัวใหญ่ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทน
นายอาภรณ์ ชัยภักดี ซึ่งเกษียณอายุราชการ และได้รับอนุมัติให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2543
พ.ศ. 2543 ได้รับงบประมาณ จำนวน 1,370,000 บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช 205/26 จำนวน 4 ห้องเรียน และสนามบาสเกตบอล
พ.ศ. 2545 คณะกรรมการสถานศึกษาร่วมกับคณะครูได้จัดทำผ้าป่าต่อเติมชั้นล่างของอาคารเรียน จำนวน 101,000 บาท และต่อเติมชั้นล่างเสร็จในปีการศึกษา 2547
วันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 นายเชิงชาย วงศ์ลังกา ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายพิสิษฐ์ มงคลสิทธิรักษ์ (นายสวัสดิ์ ชาวบัวใหญ่) ซึ่งเกษียณอายุราชการ และได้รับอนุมัติให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553
พ.ศ. 2555 ได้รับงบประมาณ จำนวน 1,976,500 บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช 104/26 จำนวน 4 ห้องเรียน
พ.ศ. 2557 ได้รับงบประมาณ จำนวน 2,700,000 บาท สร้างอาคารเรียน แบบ สปช 103/26 จำนวน 6 ห้องเรียน
วันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2559 นายธีระศักดิ์ พลนาคู ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายเชิงชาย วงศ์ลังกา ซึ่งเกษียณอายุราชการ
พ.ศ. 2561 ได้รับเงินบริจาค (เงินผ้าป่า) จากชาวบ้าน ชุมชน เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนอนุบาล 2 ห้องเรียน
วันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ.2561 นางอุไร จงกลาง ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน แทน นายธีระศักดิ์ พลนาคู ซึ่งย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านขามราษฎร์นุกูล